Фамилия Нишаева звучит на тюркский лад, но её основа, скорее всего, арабская. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать корень и суффикс. А это как раз случай, когда география бытования подсказывает ключ к разгадке.

В основе фамилии лежит мужское личное имя Ниша (или Ныш). Само имя — это, вероятнее всего, адаптированная на тюркской почве форма арабского имени Анис (أنيس), что означает «близкий друг», «собеседник», «друг» или «ласковый». В тюркских языках начальный гласный «а» мог отпасть, а «с» на конце перейти в «ш» — так Анис превратился в Ниша. Реже, но возможно возведение к арабскому слову «ниша» (نشأ) — «возвышение», «рост», но для личного имени эта версия слабее.

Суффикс «-ев» указывает на модель образования русских фамилий от тюркских основ. Это типичный патроним: Нишаев — «сын Ниши». В русском языке фамилии на «-ев» образуются от основ, оканчивающихся на мягкий согласный или на «й», как раз случай Ниша (основа на «а» → Ниша-ев). Если бы фамилия звучала как Нишаев, ударение падало бы на первый слог — Ни́шаев, что характерно для волжско-татарской и башкирской традиции.

Кем могли быть предки? Скорее всего, это выходцы из татарской, башкирской или казахской среды, принявшие православие или получившие фамилию по отцу при переписи. Встречается фамилия и в среде горских евреев (у них есть имя Нисим, но форма Нишаев — редкий вариант). В любом случае, фамилия указывает на человека, чей предок носил имя Ниша, а не на профессию или место жительства. Это прямая родовая метка: «внук того, кого звали Другом».