Фамилия Нишаков образована по очень распространённой славянской модели: к основе, в данном случае к прозвищу или имени Нишак, добавили типичный русский патронимический суффикс -ов. Это означает, что предок носителя фамилии был сыном человека по прозвищу Нишак. Такая схема — «личное имя или прозвище отца + суффикс принадлежности» — в XIV–XVII веках стала главным способом формирования русских фамилий, и Нишаков здесь не исключение.

Именования, образованные по той же модели, широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. Славянские фамилии возникали от личного прозвища или от имени (христианского или языческого), и Нишаков относится ко второму типу — в его основе лежит не церковное имя, а бытовое прозвище, которое давали человеку в повседневной жизни.

Что касается самого корня, здесь есть несколько версий, и ни одна из них не является бесспорной. Самая вероятная связывает прозвище Нишак с глаголом «нищать», то есть беднеть, скудеть. В старых говорах «нищий» и однокоренные слова звучали как «нишший», «нишшаться». Тогда Нишаком могли прозвать бедняка, человека, который жил в нужде, или, наоборот, того, кто был равнодушен к богатству. Впрочем, прозвища часто давались не по факту, а по отношению: так могли иронично назвать и прижимистого хозяина.

Другая, менее очевидная версия, отсылает к диалектному слову «нишнуть» — замолчать, притихнуть. В этом случае прозвище Нишак мог получить молчаливый, тихий человек. Эта гипотеза правдоподобна, но уступает первой: глагол «нишнуть» встречается реже, чем «нищать», и его прозвищная производная менее типична для русской антропонимии.

Встречается и трактовка, возводящая основу к тюркским языкам, где корень «ныш» или «ниш» означает «знак», «клеймо». Однако для русской фамилии такая этимология выглядит натянутой: в центральных и северных русских говорах, откуда, скорее всего, пошла фамилия, тюркские заимствования в прозвищах редки, и нет оснований притягивать их здесь.

География фамилии не слишком широкая, что тоже о многом говорит. Нишаковы встречаются в основном в Поволжье и на Урале, в меньшей степени — в центральных областях России. Это типичный след крестьянских фамилий, которые закрепились за семьями после отмены крепостного права, когда бывшим крепостным массово присваивали фамилии по прозвищам их отцов. То, что фамилия не получила широкого распространения, указывает на её локальное происхождение: прозвище Нишак, вероятно, бытовало в одной или нескольких соседних деревнях, а не по всей стране.

Что касается известных носителей, публичных данных о знаменитых людях с фамилией Нишаков мало. Это не делает фамилию менее интересной для истории: напротив, такие фамилии часто сохраняют в себе следы живого народного языка, которые в более «благородных» фамилиях стёрты. Скорее всего, Нишаковы — потомки крестьян или посадских людей, и их фамилия — это не громкая родословная, а точный портрет предка, которого когда-то за глаза называли Нишаком.