Фамилия Нишатов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если смотреть на суффикс, то перед нами типичная русская патронимическая модель на -ов, то есть фамилия образована от мужского имени или прозвища Нишат. Но вот что такое «Нишат» — вопрос открытый, и здесь возможны два основных пути.

Первый и самый прямой — тюркское происхождение. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) имя Нишат (нишан, нишат) имеет значение «знак», «метка», а также «цель» или «знамение». В персидском, откуда слово пришло в тюркские языки, «нишат» означает еще и «радость», «веселье». Таким образом, имя Нишат могло даваться ребенку как пожелание счастливой, радостной судьбы или как имя-оберег, связанное с меткой, знаком отличия. Фамилия Нишатов, скорее всего, возникла в среде татар, башкир или других тюркских народов, которые входили в состав Российской империи и принимали православие, либо — что реже — у русских, живших в тесном соседстве с тюрками и перенявших имя.

Второй, менее вероятный вариант — связь с арабским корнем н-ш-т, от которого образовано слово «нишат» — «активность», «энергия», «бодрость». В мусульманской ономастике имя Нишат встречается, но реже, чем в тюркской среде. В любом случае, основа фамилии — личное имя, а не прозвище по профессии или внешности.

Географически фамилия Нишатов встречается в Поволжье (Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область), а также в Средней Азии, но в русском контексте она закрепилась именно через русскую фамильную модель. Носители фамилии — это потомки человека по имени Нишат, который, скорее всего, жил в XVI–XVIII веках, когда у тюркских народов начали массово появляться фамилии по отцу.

Ударение в фамилии, судя по правилам русской орфоэпии, падает на второй слог: Нишатов. Вариант Нишатов же (с ударением на первый слог) возможен, если исходное имя произносилось с ударением на первый слог, что тоже встречается в тюркских языках. Однокоренных фамилий в русском языке почти нет — можно вспомнить разве что Нишаев (от того же корня), но это совсем другая история.