Фамилия Нишакова — женская форма фамилии Нишаков, и её разумнее всего рассматривать через мужской вариант. Нишаков — фамилия относительно редкая, с прозрачной, но неоднозначной этимологией. В её основе лежит либо прозвище, либо вариант личного имени, и оба случая указывают на конкретную географическую и этническую привязку.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов (притяжательный падеж: «чей?» — Нишаков, то есть сын Нишака) присоединён к основе Нишак. Сам корень — Ниш- с уменьшительным суффиксальным элементом -ак. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или кратких форм крестильных имён (ср. Шубин — от Шуба, Гуляев — от Гуляй). Но что именно скрывается за «Ниш»?

Наиболее вероятная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) слово «ныш» или «ниш» означает «знак», «метка», «мишень», а также «клык» или «зуб» у животных. Прозвище Нишак могли дать человеку с приметной внешностью (например, с торчащим зубом) или меткому стрелку. В русских говорах Поволжья и Приуралья, где веками соседствовали славяне и тюрки, такие заимствования в прозвищах — обычное дело. Менее убедительна версия о связи с греческим именем Никита (через форму Ниша), так как она не объясняет суффикса -ак, характерного скорее для прозвищ, чем для производных от канонических имён.

Географически фамилия Нишаков (и Нишакова) встречается в основном в регионах с сильным татарским и башкирским влиянием: в Челябинской, Оренбургской областях, в Башкортостане и Татарстане. Это косвенно подтверждает тюркскую версию. Социальный состав носителей, судя по архивным записям XIX века, — в основном крестьяне и мещане из уральских и приуральских губерний.

Таким образом, предки современных Нишаковых, скорее всего, носили прозвище Нишак, которое могло означать «человек с отметиной» или «меткий стрелок». Фамилия сложилась в среде русско-тюркского пограничья и сохранила в себе следы этого культурного смешения.