Фамилия Нисуева — женская форма фамилии Нисуев, и её разбор стоит начать не с корня, а с необычного окончания. В русской модели типичная фамилия на -ев (Нисуев) образована от прозвища или имени, оканчивающегося на согласный или -й. Здесь же основа «Нису-» заканчивается на гласный «у», что редкость: обычно в таких случаях появляется суффикс -ин (как в фамилии Никулин от Николай). Но Нисуев — исключение, которое указывает на тюркское или кавказское происхождение, где патронимический суффикс -ев/-ов присоединяется к любой основе, не оглядываясь на русскую фонетику.

Сама основа «Нису-» скорее всего восходит к личному имени Нису. В тюркских языках (например, кумыкском, ногайском, татарском) имя Нису могло быть сокращением от арабского Анас или производным от слова «ниса» — женщина (в арабском), но в мужском прозвище это маловероятно. Более правдоподобна версия от тюркского корня «ныс» или «нысу» — тихий, спокойный, или от кавказского имени Нисо, которое встречается у осетин и чеченцев. В таком случае Нису — это прозвище, данное человеку за характер или внешность, а фамилия Нисуев буквально означала «сын Нису» или «потомок Нису».

Географически фамилия Нисуева редка и встречается в основном на Северном Кавказе — в Дагестане, Чечне, Ингушетии, а также среди тюркских народов Поволжья. В дореволюционных документах её почти нет: фамилия могла оформиться в советское время, когда паспортизация закрепила родовые прозвища в форме на -ев. Предки носителей Нисуева — скорее всего, горцы или степняки, у которых личное имя или прозвище перешло в фамилию без изменений, минуя русские уменьшительные суффиксы.

Сравнение с однокоренными фамилиями: Нисуев, Нисунян, Нисуков — показывает, что основа устойчива и почти не варьируется. Встречается вариант Нисуева с ударением на второй слог (Ни-су-ева), что типично для кавказских фамилий. Спорных версий тут немного: некоторые этимологи связывают Нису с арабским «наси» — забывающий, но это натяжка. Реалистичнее всего — тюркское или кавказское происхождение от имени-прозвища, которое в русской записи застыло с суффиксом -ев.