Фамилия Нитшаева — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает исходное слово. На слух она воспринимается как «Нитшаева», но если присмотреться к словообразованию, становится ясно: перед нами не что иное, как вариант фамилии Нитшева или Нитшев, записанный через «ша» из-за диалектного произношения или ошибки писаря.

Основа здесь — краткая форма имени или прозвища Нитша. В русских говорах «нитша» могло означать «нищий», «бедняк» (от слова «нищета»). Переход «щ» в «тщ» (а затем в «тш») — явление, характерное для северных и сибирских говоров, где звук [щ] произносили как долгое мягкое [ш’ш’] или даже как [тш]. Таким образом, Нитша — то же, что Нища: прозвище человека небогатого, возможно, просящего подаяние или живущего скудно.

Суффикс -ев- (в форме Нитшаев) указывает на принадлежность: «чей?» — Нитшаев, то есть сын или потомок Нитши. Фамилия закрепилась в мужском роде как Нитшаев, женская форма — Нитшаева. Встречается она крайне редко, в основном в документах XIX — начала XX века среди крестьян и мещан центральных и северных губерний России. Известных носителей с этой фамилией нет, что только подтверждает её локальный и, скорее всего, угасший характер.

Если отбросить орфографическую загадку, перед нами типичная «прозвищная» фамилия, образованная от социальной характеристики предка. Никакой связи с немецкими или тюркскими корнями здесь нет — чисто русская модель, искажённая на письме.