Фамилия Нивеницына — редкий пример, где географическая привязка перевешивает прозвищную. Скорее всего, перед нами не прозвище по ремеслу или внешности, а фамилия, образованная от названия места, где жил или откуда был родом её первый носитель.

Основа фамилии — топоним Нивеница (или Нивеницы). Такие названия встречаются в северных и центральных областях России, особенно в бывших новгородских землях. Корень «нив-» восходит к слову «нива» — поле, пашня, расчищенный под посев участок. Уменьшительный суффикс «-иц-» мог указывать на небольшой размер или ласкательное отношение: Нивеница — «маленькая нива», «полянка». От названия деревни или речки Нивеница легко образовали фамилию с суффиксом «-ин»: Нивеницын — «чей?» — «человек из Нивеницы». Женская форма Нивеницына — это либо жена Нивеницына, либо дочь; в современном употреблении так записывают и женщин, и детей по отцу.

Менее вероятна, но возможна версия происхождения от прозвища Нивеница. В диалектах «нивеница» могло означать крестьянина, обрабатывающего ниву, или человека, жившего у поля. Однако отсутствие широких параллелей в прозвищной системе и наличие реальных топонимов склоняет к «географической» версии. Фамилия почти не встречается за пределами северо-запада России — это дополнительный аргумент в пользу локального, деревенского происхождения.

С точки зрения словообразования фамилия прозрачна: топоним на «-ица» плюс притяжательный суффикс «-ин». Такая модель характерна для фамилий крестьянского и мещанского сословий, которые часто брали название родной деревни. Сословных перегородок здесь нет: Нивеницыны могли быть и государственными крестьянами, и однодворцами, и мелкими помещиками — всё зависело от конкретного региона.

Сведений о знаменитых носителях фамилии в открытых источниках нет. Это типичная «тихая» русская фамилия, которая сохранилась благодаря тому, что предки не уезжали далеко от родного поля — от той самой Нивеницы.