Фамилия Низахунова — одна из тех, что сразу выдают восточное происхождение. В её основе лежит тюркское или персидское имя, а суффикс -ов (-а) указывает на обрусение фамилии, типичное для народов Поволжья, Урала или Кавказа, которые вошли в состав Российской империи. Разбираем по частям: корень «Низахун» — это личное имя. Оно, скорее всего, составное, что характерно для мусульманской ономастики. Первая часть «Низа» может восходить к арабскому «низам» — порядок, устройство, система. Вторая часть «хун» — тюркское слово, означающее «кровь» или, в переносном смысле, «хан, властитель» (в некоторых диалектах). Таким образом, имя Низахун могло означать «кровь порядка» или «хан порядка» — прозвище, данное человеку, который наводил порядок, был строгим или принадлежал к знатному роду. Встречается и более простая версия: имя могло быть искажённой формой от «Низам-хан» — титула или имени, где «хан» — это уже прямое указание на правителя.

Фамилия образована по русской модели: к основе добавили суффикс -ов, означающий принадлежность («чей?»). Низахунова — дочь или жена человека по имени Низахун. Суффикс женского рода -а закрепился в документах, когда женщин записывали по отцу или мужу. В мужском варианте фамилия звучит как Низахунов. Географически фамилия редкая, её носители — в основном татары, башкиры, реже — народы Северного Кавказа (кумыки, ногайцы) или Средней Азии. В русских метрических книгах XIX века подобные фамилии встречаются в Оренбургской, Уфимской губерниях и в Крыму, где жили тюркские народы.

Интересная деталь: написание через «а» (Низахунова) вместо ожидаемого «Низахунов» говорит о том, что фамилия закрепилась в женской форме. В дореволюционных документах женщину часто записывали сразу с окончанием -а, и это стало фамилией рода. Если бы фамилия была мужской, то в родительном падеже звучала бы как «Низахунов», но в быту прижился вариант с аканьем — так говорят в тех регионах, где не различают «о» и «а» в безударном положении. Поэтому Низахунова — это не ошибка, а живое произношение, которое стало нормой. Предки носительницы фамилии, скорее всего, были людьми с положением — либо служили при хане, либо сами были мелкими владетелями, чьё имя позже превратилось в родовое прозвище.