Фамилия Нижлукченко — редкий случай, когда географическая привязка спрятана прямо в основе, но неочевидным образом. Первое, что бросается в глаза, — характерный украинский суффикс -енко, который в XVI–XVII веках означал «сын» или «потомок» (как в фамилиях Шевченко, Коваленко). Однако основа «Нижлукч» не похожа ни на профессию, ни на имя. Разгадка — в диалектном или искажённом топониме.

Скорее всего, в основе лежит название населённого пункта — Нижние Лучки или Нижний Лучок. Такие названия встречаются в западных и центральных областях Украины (например, село Лучка в Тернопольской области). Со временем двойное слово «Нижние Лучки» могло стянуться в «Нижлук», а затем обрасти суффиксом принадлежности. Исходная форма фамилии, вероятно, звучала как Нижлукченко — то есть «потомок человека из Нижних Лучков». Подтверждение этому — существование однокоренных фамилий: Нижлук, Лучко, Лученко, которые бытуют в тех же регионах.

Менее вероятна, но возможна версия от прозвища Нижлук — человека, который жил «ниже лука» (лука — изгиб реки, овраг или луг). В этом случае фамилия указывала бы на особенность места проживания, а не на род занятий. Однако топонимическое объяснение выглядит убедительнее, поскольку суффикс -енко чаще прикреплялся именно к названиям сёл, а не к прозвищам.

Географически фамилия Нижлукченко — украинская, с высокой вероятностью происходящая из исторических земель Полтавщины или Черниговщины, где топонимы с корнем «лук» (лука) особенно распространены. Из-за редкости фамилии её носители, скорее всего, были крестьянами или казаками, чья родовая память сохранила привязку к конкретному хутору или селу. Сведений о дворянском происхождении или массовом расселении нет — это фамилия локальная, не потерявшая связь с местом, откуда пошла.