Фамилия Нижнепупков — редкий и яркий пример русской фамилии, образованной от топографического прозвища, которое буквально описывало место жительства или работы человека. В отличие от большинства фамилий на -ов, берущих начало от имени или профессии, эта сразу указывает на географическую привязку.

Корень фамилии — «нижне-» и «пупк-». Слово «пупок» в русских говорах имело не только анатомическое значение. В народной географии «пупком» или «пупом» называли возвышенность, холм, центральную точку местности (сравните с «пуп земли»). Соответственно, Нижнепупков — это человек, живший у подножия такого холма, в низине, или же в нижней части села, которое стояло на «пупке». Фамилия построена по модели прилагательного с суффиксом -ов, указывающим на принадлежность: «чей?» — Нижнепупков, то есть сын или потомок того, кого прозвали Нижний Пупок.

Подобные «топографические» фамилии характерны для центральной и северной России, где прозвища по месту жительства (Загорский, Подгорный, Набережный) были распространены в крестьянской среде. Нижнепупков стоит в одном ряду с Верхопуповым или Запупковым — все они описывают положение относительно заметного ориентира. Скорее всего, предок носителя фамилии жил в деревне, стоящей на склоне, и получил прозвище, чтобы отличаться от соседей с тем же именем, живших выше по холму.

С точки зрения социального статуса, фамилия однозначно крестьянская, недворянская. Окончание -ов, а не -ский, указывает на непривилегированное сословие. Встретить такую фамилию можно преимущественно в старых переписях Вологодской, Костромской или Архангельской губерний — в регионах с холмистым рельефом и развитой системой местных прозвищ. В современном мире фамилия крайне редка, что делает её ценным маркером для генеалогического поиска: все Нижнепупковы, скорее всего, имеют общего предка из одного небольшого региона.