Фамилия Низиньковский звучит как типичная польская или западнорусская фамилия с суффиксом -ский. Однако её корень неочевиден, и здесь скрыта ловушка для поверхностного взгляда.

Словообразовательная модель проста: основа Низиньк- + суффикс -овский (вариант -ский). Суффикс -ский указывает на дворянское или шляхетское происхождение фамилии, особенно в Речи Посполитой. Вопрос в том, что такое «Низиньк». Если считать, что это прилагательное «низинький» (уменьшительное от «низкий»), то фамилия могла означать «человек с низкого места» — из низины, из низинки. Географические прозвища по месту жительства — частая основа для фамилий на -ский.

Но есть и другая, более вероятная версия. В польской и белорусской ономастике распространена модель, где фамилии образуются от названий населённых пунктов с суффиксом -иньск/-ыньск. В этом случае Низиньковский — это выходец из местечка Низиньки (или Низеньки, Низьки). Такие топонимы встречаются на территории современной Беларуси и восточной Польши: например, деревни с корнем «низ-» (низина, низкий берег) нередки.

Спорный момент — буква «ь» в середине. Написание «Низиньковский» (через мягкий знак) характерно для польской орфографии (Nizińkowski), где ń обозначает мягкий звук [н']. В русском языке такая фамилия могла писаться как Низинковский или Низиньковский. Мягкий знак сохранился, скорее всего, из-за польского происхождения носителя или его предков, переехавших в Российскую империю.

Таким образом, предки Низиньковских — вероятнее всего, мелкая шляхта или крестьяне из западных губерний (Гродненской, Минской, Волынской), получившие фамилию по названию своего имения или деревни. Точное место установить трудно: в исторических источниках упоминаются усадьбы Низиньки, но они не были крупными. Фамилия редкая, что подтверждает её локальное происхождение — не от большого города, а от небольшого хутора или села в низине.