Фамилия Низниченко — характерный пример украинской модели образования фамилий на -енко, распространённой в южных и центральных регионах бывшей Российской империи. Суффикс -енко в XVII–XIX веках служил для обозначения потомка, сына или ученика: буквально «маленький», «младший». Так Низниченко — это «сын Низничего» или «потомок Низниченка».

Основа фамилии — прозвище Низничий, которое, скорее всего, происходит от прилагательного «низкий». В украинском языке «низ» — это не только малый рост, но и положение внизу, на равнине, в низине. Человек мог получить прозвище Низничий, если жил в низине, у болота, в низовьях реки. Встречается и версия, связанная с характером: «низкий» в смысле скромный, незаметный, невысокого социального статуса.

Менее вероятная, но допустимая гипотеза — связь с диалектным словом «низник», которое в некоторых говорах означало низкорослого человека или работника, занятого на низовых работах (например, на сплаве леса в низовьях реки). Однако для фамилии Низниченко скорее первично прозвище Низничий, а не прямое название профессии.

Фамилия редкая, встречается преимущественно на Украине и в южных областях России (Краснодарский край, Ростовская область), куда потомки переселялись в ходе колонизации Кубани и Новороссии. В документах XVIII–XIX веков можно встретить написание Низниченко без удвоения, с буквой «и» после «н» — это вариант, закрепившийся в украинской орфографии.

В отличие от более частых фамилий на -енко от календарных имён (Иващенко, Петренко), Низниченко образована от прозвища, что указывает на крестьянское или казацкое происхождение предков — без привязки к церковному имени, а по месту жительства или внешнему признаку.