Фамилия Низонов — редкий случай, когда написание говорит о произношении больше, чем о происхождении. Если бы не буква «з», мы бы без колебаний отнесли её к группе фамилий от крестильных имён: Никон (разговорная форма Никон → Никонов) или Никита (Никифор → Никифоров, Никитин). Но «Низонов» с «з» — это либо ошибка писаря, либо сознательная запись прозвища на слух.

Самая вероятная версия: фамилия образована от прозвища Низон. В русских говорах «низкий» могло означать не только малый рост, но и «смирный», «невысокого положения», «живущий в низине» (низ — «нижняя часть села»). Суффикс -он- здесь необычен: обычно прозвища на -он (Прыгун, Болтун) указывают на деятеля. Низон — тот, кто «низит», то есть принижает, опускает, или же тот, кто держится низко, у земли. В ономастике такая модель встречается реже, чем -ун, но она существует: например, фамилии Звонов (от звонить) или Гудзонов (от гудеть) — там корень ясен, а суффикс -он- выполняет ту же роль.

Вторая версия, менее правдоподобная, но имеющая право на существование: Низонов — это искажённое Никонов. В северных и южных говорах, где «аканье» смешивалось с «оканьем», а «з» и «с» путали, фамилию Никонов могли записать как Низонов. Однако для этого нужно допустить, что писарь не просто ослышался, а дважды изменил звуковой облик: заменил «к» на «з» и переставил ударение. Вероятность невысока, но в истории русских фамилий такие казусы встречаются — особенно когда документ составляли малограмотные переписчики.

Географически фамилия Низонов крайне редка. В дореволюционных справочниках и современных базах она почти не встречается; единичные носители фиксируются на юге России и в Сибири, куда переселенцы приносили свои прозвища. Это подтверждает, что фамилия не массовая, а локальная, возникшая в одном селе или даже в одной семье.

Словообразовательная модель проста: корень низ- + суффикс -он- + окончание -ов (притяжательный суффикс, указывающий на принадлежность: «сын Низона»). То есть Низонов буквально значит «потомок того, кого звали Низон». Суффикс -ов типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, и не несёт дополнительной смысловой нагрузки.

Если вы носитель этой фамилии, скорее всего, ваш предок получил прозвище за невысокий рост, смирный нрав или место жительства в низине. Фамилия не дворянская и не купеческая — она из крестьянской или мещанской среды, где прозвища были точны и практичны.