Фамилия Низсковских — это редкий случай, когда географическая основа сохранилась в форме, указывающей на происхождение от конкретного места. Она относится к группе фамилий на -ских (в родительном падеже множественного числа), типичных для польской, белорусской и западнорусской шляхты. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, окончание -ских прямо говорит: «из рода тех, кто из Низского».

Корень здесь — Низск- (или Низьк-). Скорее всего, это название населённого пункта — села или местечка Низское (Низько). Такие топонимы нередки в западных регионах: «низ» в славянской топонимике обычно означает низину, низменное место, пойму реки. Фамилия, таким образом, закрепилась за человеком, который переселился оттуда: «Иван из Низского» → «Иван Низсковский» → «род Низсковских».

Вторая, менее вероятная версия — происхождение от прозвища Низской (тот, кто живёт в низине, в низовьях реки). Но суффикс -ск- в основе фамилии чаще привязан именно к названию места, а не к бытовому прозвищу. Если бы прозвище было исходным, фамилия скорее получила бы форму Низков или Низин.

Форма Низсковских (а не Низских или Низовских) указывает на то, что в основе мог быть вариант Низско (с утраченным гласным) или же это результат адаптации польской фамилии Nizskowski. В польской традиции суффикс -owski/-ski давал форму родительного падежа -skich, что в русском быту закрепилось как -ских. Носители фамилии Низсковских — это потомки тех, кто когда-то покинул своё «низкое» село и получил родовое имя по месту выхода.