Фамилия Низякова образована от прозвища Низий, и, хотя на слух она кажется простой, за ней стоит сразу три разных варианта происхождения. Самое очевидное объяснение — географическое: Низием могли называть человека, который жил в низовье, то есть ниже по течению реки, чем его соседи. В топонимике и прозвищах такой способ различать людей был очень распространён: если один селился в верховье, а другой в низовье, то второго так и звали — Низий.

Вторая версия связана с ремеслом. Слово «низь» в старину обозначало особый способ вышивания, при котором узор прокладывали чёрной или красной нитью с изнаночной стороны, а остальные цвета выводили на лицевую. Если основатель рода владел этим мастерством, его вполне могли прозвать по инструменту или приёму работы — Низий. Тогда родоначальник Низяковых был вышивальщиком, и фамилия сохранила память о его занятии.

Есть и третье, более простое толкование: прозвище Низий могло закрепиться за человеком невысокого роста. Такой способ характеристики по внешности встречается в русских фамилиях постоянно, и здесь он тоже выглядит правдоподобно. Что интересно, все три версии не противоречат друг другу: в разных местностях прозвище могло возникать независимо и по разным причинам, а потомки уже получили единую фамилию.

Суффикс -ов в форме Низякова указывает на типичную русскую модель притяжательности: это буквально «сын Низя» или «семья Низя». Сама форма Низя — это уменьшительно-ласкательный вариант от Низий, что говорит о том, что прозвище было ходовым, обиходным, а не книжным. Такое смягчение характерно для северных и центральных русских говоров, где имена и прозвища часто укорачивали.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, Низяков стоит в одном ряду с Низовцевым, Низовским и Низиным, но отличается именно суффиксом -як-, который придаёт слову оттенок принадлежности к группе или местности. В ономастике такой формант нередко указывает на человека «оттуда-то» или «из тех мест», что подкрепляет первую, географическую версию.

Точных сведений о сословии первых Низяковых нет, но по модели образования и по тому, что прозвище бытовало в живой речи, можно предположить, что это была крестьянская или посадская среда. В документах фамилия встречается в основном в формах мужского рода Низяков, женская форма Низякова — естественное склонение по русской традиции.