Фамилия Нкмудрякина — редчайший случай в русской ономастике, и её разбор требует осторожности. С первого взгляда бросается в глаза нехарактерное для славянских фамилий начало «Нкм». В русском языке сочетание «нкм» почти не встречается в начале слова — это либо иноязычное влияние, либо сильное искажение исходной формы при записи. Скорее всего, мы имеем дело с дефектом письма или переосмыслением.

Попробуем реконструировать. Если отбросить окончание -а (женский род) и суффикс -ин (указывает на принадлежность: «чей?» — Нкмудрякина, то есть дочь или жена Нкмудряки), основа — Нкмудряк. Это явно прозвище. В нём угадывается корень «мудр-» (от «мудрый»). Приставка «к-» в русских фамилиях редка, но возможна: она могла означать «как», «подобно» (ср. диалектное «к-мудрому» — «вроде мудреца»). Тогда исходное прозвище — Кмудряк (человек, которого считали мудрым или хитрым). Буква «Н» в начале — вероятная ошибка писаря или результат слияния с предлогом «на» (например, «на Кмудрякина» → «Нкмудрякина»). Вторая версия: основа — диалектное слово «кудря» (кудри, кудрявый), искажённое до «кмудря». Тогда Нкмудрякин — потомок кудрявого человека, но такое объяснение менее надёжно из-за двойного согласного «км».

Суффикс -ин указывает на северорусское или центральное происхождение: такие фамилии типичны для Владимирской, Ярославской, Костромской губерний. Однако географию бытования фамилии Нкмудрякина установить сложно — она настолько редка, что может быть единичным вариантом, возникшим в одном селе или даже в одной семье из-за ошибки переписи. Социальный контекст: прозвища от черт характера (мудрый, хитрый) давали крестьянам и посадским людям, реже — духовенству. Дворянские фамилии с такой основой неизвестны.

Таким образом, наиболее вероятное объяснение: фамилия образована от прозвища Кмудряк («как мудрый», «мудрец») с последующим искажением первой буквы при записи. Носительница фамилии Нкмудрякина — потомок человека, которого в деревне считали себе на уме, рассудительным или не по чину умным. Альтернативная версия (от «кудря») слабее, но полностью исключать её нельзя.