Фамилия Ноченкова — женская форма, а мужская, Ноченков, образована от прозвища или имени Ноченко. В основе лежит корень «ночь». Сама модель фамилии — на -енко — типична для украинской и южнорусской ономастики. Суффикс -енко в XVII–XVIII веках в Речи Посполитой и на землях Войска Запорожского означал не просто «сын такого-то», а часто «младший», «помощник» или «ученик». Ноченко — это не «ночной человек», а скорее уменьшительное от «Ночь» или производное от прозвища Ночь.

Самая вероятная версия происхождения — прозвище по времени рождения или по роду занятий. В славянской традиции детей, родившихся в ночное время, нередко называли Ночка, Ночной, Ноченко. Но есть и другая, более конкретная: Ноченко мог быть человеком, который работал по ночам — сторожем, пастухом при ночном выпасе лошадей (ночное — выпас скота в тёмное время суток) или даже разбойником, промышлявшим в темноте. В говорах слово «ночень» могло означать ночного сторожа, а «ночник» — светильник, что даёт редкую, но возможную связь с ремеслом изготовления масляных ламп.

В отличие от распространённых фамилий на -ов/-ев, Ноченковы концентрируются не в центральной России, а в зоне украинско-русского пограничья: Курская, Белгородская, Воронежская области, а также в Ростовской области и Краснодарском крае — туда фамилию принесли переселенцы с Украины в XVIII–XIX веках. Вариант написания с «а» на конце (Ноченкова) — это стандартная русская грамматическая форма для женщин, но сама фамилия остаётся неизменяемой в мужском варианте: Иван Ноченков, Мария Ноченкова.

Спорный момент — возможная связь с тюркским корнем «ноч» (нож) или с диалектным «ночить» (искать, выслеживать). Но эти версии слабо подтверждены: фамилия не встречается в татарских или башкирских регионах, а звуковой переход от «ножа» к «ноченко» маловероятен без письменных фиксаций. Поэтому основная гипотеза — прозвище по ночному времени суток или по ночной работе — остаётся самой правдоподобной.