Фамилия Нодченко звучит как типичная украинская фамилия, и это первое, что бросается в глаза. Суффикс -енко, распространённый в центральных и восточных областях Украины, указывает на происхождение от прозвища или имени отца: Нодченко — это буквально «сын Нодька» или «потомок Нодька». Такая модель была особенно популярна в казацкой среде XVI–XVIII веков, когда фамилии на -енко вытесняли более архаичные формы.

Сложность в том, что корень «Нод-» в славянских языках встречается редко и не имеет очевидного значения. В отличие от фамилий с прозрачной основой (Коваленко — от «кузнец»), здесь приходится строить гипотезы. Самая вероятная версия — связь с диалектным украинским или белорусским словом «нода», которое в некоторых говорах означало «ленивый, медлительный человек» или «неповоротливый». Тогда Нодченко — потомок человека, которого прозвали Нодь за его характер или манеру двигаться.

Есть и другая, менее очевидная возможность: корень мог произойти от уменьшительной формы имени Арнольд или подобных западноевропейских имён (Нодь как краткое от Arnold). На Украине, особенно в западных регионах, встречались переселенцы и наёмники из Германии, чьи имена адаптировались на местный лад. Однако эта версия слабее, так как фамилия Нодченко почти не фиксируется в западных областях, где такие заимствования были бы логичнее.

В документах и современных базах данных фамилия Нодченко встречается редко, что говорит о её локальном характере. В основном носители сосредоточены в центральной Украине — в Черкасской, Киевской и Полтавской областях. В России фамилия почти не встречается, что подтверждает её украинское происхождение. Возможно, предки Нодченко были крестьянами или казаками, а сама фамилия закрепилась за одним родом в небольшом селе или хуторе, откуда и пошла.

Словообразовательно фамилия проста: основа «Нодь» (усечённое прозвище) плюс суффикс -ченко. В украинской ономастике такой тип считается очень старым: он фиксирует прозвище отца, которое впоследствии стало наследственным. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то аналогов практически нет — ни Нодь, ни Нода не образуют гнезда, что делает Нодченко редким и морфологически изолированным случаем.