Фамилия Нонишнев — один из тех редких случаев, когда написание почти полностью скрывает исходное прозвище. На слух она звучит как «Нанишнев», и именно эта форма — ключ к разгадке. Скорее всего, перед нами вариант фамилии Нанишнев, где «о» вместо «а» появилось из-за акающего произношения (в говорах, где «а» после мягких согласных звучит как «е» или «и») или просто при записи фамилии малограмотным писцом. Основа здесь — прозвище Наниш, а оно, в свою очередь, — производное от имени Наня. Это краткая форма от канонического имени Иоанн (Иван) или, реже, от Ананий. В русских деревнях Нанями, Наней называли старшего, уважаемого человека или просто ласково — младшего в семье.

Суффикс «-ев» (в варианте «-нев») указывает на притяжательное значение: Нонишнев — значит «сын Нонишни» или «потомок Нониша». Форма «Нонишнев», а не «Нонишев», содержит суффикс «-н-», который мог означать принадлежность к конкретному лицу по женской линии (Нонишня — жена или дочь Нониша) или же просто быть диалектным наращением. Фамилия явно севернорусского или вологодского происхождения — именно там распространена модель с «-ев» от кратких имен на «-я» и любят добавлять «-н-» в основу.

Встречается фамилия крайне редко, в основном в Вологодской и Архангельской областях, что подтверждает её северное, крестьянское происхождение. Предки носителя фамилии, вероятно, были государственными или монастырскими крестьянами, получившими прозвище по имени главы семьи — Нани или Нони. Спорных версий здесь нет: корень «нон» (от лат. nonus — «девятый») или «нона» (музыкальный интервал) для русской фамилии нереалистичны, а попытки связать её с «ноней» (диалектное «нытик») разбиваются о географию бытования. Фамилия Нонишнев — чистый пример того, как местное произношение и особенности письма превратили простое «Нанин сын» в загадочное сочетание букв.