Фамилия Нонишнева — редкая и неочевидная с точки зрения словообразования. Если отбросить типичное для русских фамилий окончание -а (женский род от Нонишнев), перед нами основа, которая не встречается в списках частых прозвищ или профессий. Ключ к разгадке — в суффиксе -шн-. В русской ономастике он нередко указывает на притяжательное прилагательное, образованное от имени через отчество или прозвище с суффиксом -ш- (как в фамилиях Фомин — Фомишнев, Кузьмин — Кузьмишнев). То есть исходная форма могла звучать как Нонишня — человек, которого в быту называли по отцу или хозяину Нониш.

Самая вероятная основа — личное имя Ноня. Это уменьшительная форма от крестильного имени Нонн (греч. «святой», «чистый»). Нонн — имя редкое, но известное в святцах (например, преподобный Нонн, епископ Илиопольский). В народной речи оно легко превращалось в Ноня, а от него — Нонишня (буквально «Нонин сын» или «Нонин человек»). Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «ноня» — в некоторых говорах так называли плаксу или капризного ребёнка (ср. «ныть», «нянька»). Однако для фамилии эта версия слабее: прозвища от глаголов с суффиксом -шн- почти не образуются.

Географически фамилия Нонишнева — скорее всего, северорусского или вятского происхождения. Именно в этих регионах (Архангельская, Вологодская, Кировская области) сохранялась архаичная модель образования фамилий через суффикс -шн-/-ев, и там же встречаются редкие канонические имена вроде Нонн. Фамилия не попала в списки дворянских родов и, судя по редкости, принадлежала крестьянской или мещанской среде — её носители, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, записанными по отчеству при переписях XVIII–XIX веков.

Известных носителей фамилии в публичном поле нет — это не умаляет её ценности для семейной истории. Если вы встретили Нонишневу, перед вами потомок человека, которого в деревне звали Нонишней, то есть сыном или подручным Нони.