Фамилия Ноний — одна из тех русских фамилий, чья форма сразу выдает её происхождение. Окончание на -ий, а не на -ов или -ин, характерно для фамилий, образованных от прилагательных, и часто указывает на более позднее, книжное или семинарское происхождение. В русской традиции такие фамилии нередко давали в духовных училищах, переделывая латинские или греческие слова на церковный лад.

Основа фамилии — латинское слово nonus, что означает «девятый». В Древнем Риме существовал род Нонниев (Nonius), и римское личное имя Ноний (Nonius) было распространено, но в русскую среду оно попало скорее всего не напрямую от римлян, а через церковные календари. В святцах есть несколько святых с именем Ноний — например, мученик Ноний, пострадавший в III веке. Семинаристы, получавшие при поступлении новую фамилию, могли взять её по имени святого, чья память приходилась на день их рождения или пострига.

Второй, менее вероятный, но возможный путь — прозвище. В диалектах русского языка слово «ноня» или «нонька» иногда означало плаксу, реву. Однако фамилия Ноний, с её латинизированным окончанием, гораздо логичнее связывается с семинарской традицией, чем с крестьянским прозвищем. Если бы фамилия была народной, она скорее звучала бы как Нонин или Нонов.

Фамилия чрезвычайно редкая. Встретить её можно было преимущественно в среде духовенства или потомков выходцев из духовного сословия. Географически она не привязана к одному региону — носители Ноний рассеяны по всей России, что тоже подтверждает её искусственное, «кабинетное» происхождение. В дореволюционных метрических книгах она изредка попадается в записях о священниках и псаломщиках, особенно в центральных губерниях.

Таким образом, фамилия Ноний — это, скорее всего, семинарский оним, образованный от латинского «девятый» или от имени христианского святого. Носитель этой фамилии, с высокой долей вероятности, потомок человека, получившего её за партой духовного училища.