Фамилия Нощенко образована от прозвища Нощий, и её корень уходит в старославянское слово «нощь», то есть ночь. Вопреки возможному ожиданию, связь здесь не с тяжёлой ношей, а со временем суток, хотя обе версии имеют право на существование.

Основная и наиболее правдоподобная гипотеза говорит о том, что прозвище Нощий дали человеку, родившемуся в ночное время. У древних славян ночь считалась периодом разгула потусторонних сил, опасным для человека. Поэтому имя-прозвище Нощий могло выполнять охранительную функцию, служить оберегом: называя ребёнка «ночным», родители будто прятали его от тёмных сил, надеясь вырастить красивого и здорового сына. Такая практика была широко распространена в дохристианской традиции именования.

Менее вероятна связь прозвища со словом «ноша» — груз, который переносят на себе. В этом случае Нощим могли называть человека, занятого тяжёлым физическим трудом, носильщика. Однако фонетически переход от «ноша» к «нощий» менее естественен, чем прямое образование от «нощь», поэтому эта версия уступает первой.

Сам суффикс -енко указывает на украинское происхождение фамилии и типичную для этих земель модель образования: так закрепляли прозвище отца за его потомками. Изначально Нощенко означало «сын Нощего». Со временем прозвище Нощий, которое поначалу сопутствовало наследственному имени, полностью вытеснило его и в быту, и в официальных документах, закрепившись как фамилия.

Интересно, что в этой фамилии сохранился редкий для современных восточнославянских фамилий след церковнославянской формы «нощь» вместо более привычного древнерусского «ночь». Это делает Нощенко не просто указанием на время рождения предка, но и маленьким свидетельством книжной, церковной традиции, повлиявшей на народную речь.