Фамилия Новогонский — редкий пример, где географическая основа сочетается с нестандартной словообразовательной моделью. Она отчетливо делится на две части: корень «нов» (новый) и суффиксальный комплекс «-огон-ский». В русских фамилиях на «-ский» обычно встречаются суффиксы «-овский», «-инский», «-ский» напрямую после корня. Сочетание «-огон-» здесь — почти наверняка искажение или адаптация более распространенной формы.

Самая вероятная версия: фамилия образована от названия населенного пункта Новогонки (или Новогонская). Такие топонимы встречаются в центральной России и на Украине. Вторая часть «-гонки» могла означать либо местность, где гнали деготь или смолу (гонка — перегонка, производство), либо быть диалектным названием участка леса после вырубки. Житель такого места получал прозвище Новогонский — «тот, кто из Новогонков». При переезде в другую местность прозвище закрепилось как фамилия.

Менее убедительна версия, выводящая фамилию напрямую от прозвища Новогон — «новый гонец» или «новичок в гонке (соревновании)». Такое прозвище не зафиксировано в известных словарях, и суффикс «-ский» для него нетипичен: от прозвищ на «-ов/-ев» делали фамилии вроде Новогонов, а не Новогонский. Поэтому топонимическое происхождение выглядит гораздо правдоподобнее.

Фамилия очень редкая. В современных справочниках она не упоминается, в базах данных встречаются единичные носители, преимущественно на юге России и в Беларуси. Это указывает на локальное бытование: скорее всего, фамилия возникла в одном или нескольких селах и не получила широкого распространения из-за оттока населения или смены административных границ, когда сам топоним исчез с карт.

Социально предки-носители фамилии Новогонский были, вероятно, крестьянами или мещанами, получившими фамилию по месту жительства в XIX веке, когда массово присваивались фамилии сельским жителям. Дворянское происхождение маловероятно — в родословных книгах такая фамилия не значится.