Фамилия Новопрутский — редкий случай, когда топонимическая основа читается почти буквально, но требует осторожности в трактовке. Слово распадается на две части: «ново-» и «-прут-». Первая часть указывает на признак новизны, вторая отсылает к гидрониму Прут (река в Восточной Европе) либо к слову «прут» в значении «ветка, прут». Однако с точки зрения словообразовательной модели фамилий на -ский, которые в массе своей указывают на географическое происхождение, версия с рекой Прут выглядит убедительнее всего.

Фамилии с приставкой «ново-» (Новохатский, Новогородский, Новосельцев) обычно давали переселенцам или жителям недавно основанных поселений. Новопрутский, скорее всего, означал «тот, кто с Нового Прута» — так могли назвать человека, переехавшего с берегов Прута на новое место, либо выходца из села или хутора с названием Новый Прут. Такие топонимы встречаются в зоне расселения молдаван и украинцев вдоль реки Прут (современные Молдова и Черновицкая область Украины). В пользу этого говорит и типичный для юго-западных земель суффикс -ский, который в польской и украинской традиции крепко связан с дворянскими и казачьими фамилиями, но со временем стал массовым у всех сословий.

Менее вероятна версия, что основа «прут» восходит к прозвищу Прут (от ветки или прута) или к инструменту (прут как металлический стержень). В таком случае фамилия образовывалась бы скорее через суффиксы -ов или -ин (Прутов, Прутин), а не через -ский. Приставка «ново-» к прозвищу приклеивалась бы неестественно: «Новый Прут» могло быть прозвищем, но документальных подтверждений такой модели в русской ономастике почти нет.

Встречаемость фамилии низкая, что типично для «молодых» топонимических фамилий, возникших в XVIII–XIX веках. Носители Новопрутского сегодня рассеяны по России и Украине, но наибольшая концентрация — в западных областях Украины и в Молдове. Сословная принадлежность предков неясна: фамилия могла достаться как крестьянам, переселенным по указу Екатерины II на пустующие земли, так и мелкой шляхте, потерявшей привилегии. Без генеалогического исследования сказать точнее невозможно.

Итог: фамилия Новопрутский — прозрачный топоним, указывающий на связь с рекой Прут или одноимённым поселением. Приставка «ново-» подчёркивает, что предок был переселенцем или основателем нового места. Это не «говорящая» фамилия вроде Кузнецов, а скорее географический паспорт, который при ближайшем рассмотрении рассказывает о миграции и жизни на границе культур.