Фамилия Новышев — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия, а прилагательное в сравнительной степени. Она образована от слова «новый» с помощью суффикса -ыш-, который в русских фамилиях встречается нечасто. Чаще всего такой суффикс встречается в прозвищах, образованных от прилагательных: Малыш, Глупыш, Крепыш. Прозвище Новыш, от которого пошла фамилия, могло означать «тот, кто новее других» — новичок в общине, недавно поселившийся человек, либо младший сын в семье, которого так и прозвали в отличие от старших братьев.

Притяжательный суффикс -ев, а не более ожидаемый -ов, указывает на то, что основа «Новыш» оканчивалась на мягкий или шипящий согласный. В русской ономастике фамилии на -ев и -ов взаимозаменяемы, но выбор суффикса диктовался фонетикой: если прозвище звучало как «Новышь» или было записано с «ь» на конце, фамилия закономерно приняла форму Новышев. В документах XVII–XVIII веков встречаются варианты написания «Новышев» и «Новышевъ», что подтверждает живую орфографическую практику того времени.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России. По данным переписей XIX века, Новышевы чаще всего фиксировались в Вятской губернии (современная Кировская область) и в Поволжье. В Вятке, например, прозвища с суффиксом -ыш- были особенно распространены в крестьянской среде — там и родилось множество «прозвищных» фамилий, не связанных с церковными именами.

Стоит рассмотреть и альтернативную, хотя и менее вероятную версию: связь с диалектным словом «новышь» — так в некоторых говорах называли молодую поросль в лесу или новый побег. Если это так, то прозвище мог получить человек, живший на недавно расчищенной земле, на новине. Но большинство ономастов склоняются к версии с прозвищем-характеристикой.

Фамилия Новышев не относится к числу аристократических: её носители в подавляющем большинстве — крестьяне и мещане. В дворянских родословных книгах она не значится. Это типичная «прозвищная» фамилия, которая прямо говорит о положении предка в общине: он был новым человеком, пришлым или младшим, и это закрепилось в родовом имени на века.