Фамилия Нпливайко — редкий случай, где написание сразу бросается в глаза. Первая буква «Н» перед «п» выглядит как опечатка или результат искажения при переписи, но на деле это может быть диалектная или фонетическая запись. Вероятнее всего, перед нами вариант фамилии Непливайко или Неплывайко, где приставка «не-» слилась с корнем, а безударная «е» редуцировалась до «и» или вовсе выпала. В украинской и южнорусской традиции такие сжатые формы встречаются: например, Немигайло из Не-мигай-ло.

Основа фамилии — повелительное наклонение глагола «пливати» или «плывать» (старое значение — плавать, плыть). Модель образования типична для украинских прозвищных фамилий на -айко: Непливайко буквально означает «не плыви». Такие прозвища давали людям с яркой, часто комичной или предостерегающей характеристикой. В данном случае прозвище могло закрепиться за человеком, который не умел плавать, боялся воды, либо, наоборот, в насмешку — за отличного пловца (по принципу «не плыви, а то утони»). Встречается и бытовая версия: так могли прозвать того, кто постоянно тонул или чуть не утонул.

Суффикс -айко характерен для украинской ономастики, особенно для фамилий, образованных от глагольных форм (Помазайко, Загребайко, Крутипорох). В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, украинские на -айко указывают на прозвище, а не на отчество. Нпливайко — скорее всего, украинская фамилия, распространённая в центральных и восточных областях Украины, а также среди переселенцев на Кубань. Встречаемость её крайне низкая, что подтверждает версию об искажении: в документах XIX — начала XX века фамилию могли записывать на слух, и «Нпливайко» — результат сокращения.

Если сравнивать с однокоренными, то известны фамилии Плывайко, Плывун, Плыгач. Нпливайко стоит особняком из-за начального «Н», которое может быть остатком отрицательной частицы. Есть и другая, менее вероятная версия: «Нп» — это искажённое «нп» как сокращение от «наплывай» (наплывать), но она не выдерживает критики, так как словообразовательная модель «наплывайко» не зафиксирована в ономастике. Правдоподобнее всего считать, что предок носителя фамилии получил прозвище Непливайко, а при записи буква «е» исчезла, оставив твёрдый знак или просто стечение согласных.