Фамилия Нткоян — редкий случай в русском ономастиконе. С первого взгляда она кажется иноязычной, и это верно: её структура указывает на армянское происхождение. Типичный армянский суффикс -ян (в старой орфографии -янц) означает принадлежность к роду или происхождение от предка. Основа «Нтко» — это, скорее всего, искажённое или диалектное написание личного имени или прозвища.

Самый вероятный источник — имя Нтаг (или Нтагян), которое в некоторых армянских говорах могло редуцироваться до «Нтко». В армянском языке «нтаг» (նտակ) переводится как «подарок», «дар». Соответственно, Нткоян — буквально «из рода Нтаг» или «потомок того, кого назвали Даром». Такие имена давали долгожданным детям, как бы подчёркивая, что ребёнок — подарок судьбы. Вторая, менее распространённая версия: основа восходит к топониму — названию села или местности, откуда вышел род, но для фамилии Нткоян такая привязка не зафиксирована.

В русском языке фамилия сохранила армянскую модель без изменений, что говорит о позднем вхождении в русскую среду — скорее всего, в XIX–XX веках, когда армянские фамилии уже не русифицировали добавлением суффиксов -ов/-ев. Носители фамилии Нткоян встречаются в основном на юге России и в Закавказье, но в целом это редкая фамилия, не попавшая в массовые справочники. В отличие от распространённых Арутюнянов или Петросянов, Нткоян — более локальная и менее известная за пределами армянской диаспоры. Сословная принадлежность предков не прослеживается: фамилия могла возникнуть и в крестьянской, и в ремесленной среде, без привязки к знати.