Фамилия Никоян — армянская по происхождению, и её разумнее всего разбирать именно в рамках армянской ономастики, а не русской. В русском языке она оказалась в результате миграций и русификации фамилий народов Закавказья.

Основа фамилии — личное имя Нико (Нико). Это уменьшительная форма армянского имени Никогайос, которое восходит к греческому Николаос (Николай) и означает «победитель народов». Суффикс -ян — один из самых распространённых в армянской фамильной системе. Он указывает на принадлежность к роду, происхождение от предка: Никоян буквально — «из рода Нико», «потомок Нико».

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев или -ин, где суффиксы различают отчество от прозвища по отцу, армянский -ян универсален. Он присоединяется и к именам, и к прозвищам, и к названиям профессий. В случае с Никоян мы имеем дело с типичной патронимической моделью: фамилию дали по имени отца или деда, которого звали Нико.

Географически фамилия Никоян распространена в Армении, особенно в областях, где исторически сильны христианские традиции и имя Николай (в его армянской форме) было популярно. В России носители фамилии встречаются в регионах с крупными армянскими диаспорами: Краснодарский край, Ставрополье, Ростовская область, Москва.

Интересная деталь: в русском языке фамилию Никоян часто путают с похожей по звучанию, но иной по происхождению фамилией Никонов. Никонов — русская фамилия от канонического имени Никон (тоже греческого происхождения, но с другим значением — «побеждающий»). Армянская же Никоян к русскому Никону отношения не имеет, хотя корни у обоих имён — греческие. Это пример того, как одна и та же древняя основа дала разные фамильные модели в разных культурах.

Сословного значения у фамилии Никоян нет: армянские фамилии на -ян носили и крестьяне, и ремесленники, и духовенство. Фамилия не указывает на дворянство или знатность, а лишь фиксирует родство по мужской линии. Предки современного носителя Никоян — скорее всего, простые люди, жившие в армянских селах или городах, для которых имя Нико было обычным семейным именем.