Фамилия Нубина — редкий и неочевидный случай для русского ономастикона. Её основа Нуб- в современном русском языке не имеет очевидного лексического значения, поэтому разбирать её стоит не с корня, а с модели образования и возможных географических корней.

Первое, что бросается в глаза, — суффикс -ин. В русских фамилиях он указывает на принадлежность: «чей?» — Нубин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Нуба. Женская форма Нубина — это либо жена Нубина, либо дочь. Такая модель типична для северных и центральных регионов России, где фамилии на -ин широко распространены.

Самая вероятная версия происхождения основы — от канонического имени Нубий. Это редкое крестильное имя, которое встречается в святцах. Имя Нубий греческого происхождения, связано с названием страны Нубия (древняя область в Африке). В русской традиции такие имена давали в честь святых, например, мученика Нубия, пострадавшего за веру. От имени Нубий через обиходную форму Нуба и образовалась фамилия Нубин. В этом случае предок носителя фамилии был назван в честь святого, а фамилия закрепилась по отцу.

Менее вероятная, но возможная версия — прозвище Нуба от диалектного слова. В некоторых русских говорах «нубый» означало «скупой», «прижимистый». Однако эта гипотеза слабая: слово «нубый» не фиксируется в основных исторических словарях как распространённое, а фамилии от него не образуют массового пласта. Если бы прозвище было ходовым, мы бы видели больше однокоренных фамилий вроде Нубов, Нубкин, но их практически нет.

Стоит учесть и возможную нерусскую привязку. Фамилия Нубина может быть русифицированной формой какой-либо иноязычной фамилии. Например, у народов Кавказа или Поволжья встречаются фамилии, оканчивающиеся на -ин, которые образованы от местных имён. Но без конкретных архивных записей утверждать это сложно.

В итоге: если ваша фамилия Нубина, с высокой долей вероятности её корень — в редком церковном имени Нубий. Фамилия не массовая, и её носители, скорее всего, происходят из семей, где имя передавалось по родству, а не по географическому или ремесленному признаку.