Фамилия Нудько — один из тех случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, не утратило своей выразительности и сегодня. Корень здесь очевиден: «нудь», «нуда» — в русских говорах так называли тоску, скуку, навязчивое состояние. Отсюда же «нудный» — надоедливый, тягомотный. Человек, получивший такое прозвище, мог быть занудой, нытиком или человеком, который постоянно докучал просьбами. Впрочем, не исключён и более безобидный вариант: в некоторых диалектах «нуда» означала просто бедность или нужду, так что прозвище могло отражать не характер, а тяжёлое материальное положение.

Суффикс -ко типичен для украинской и южнорусской ономастики. В фамилиях на -ко (Шевченко, Коваленко, Бондаренко) он часто указывает на сына или потомка: Нудько — буквально «сын Нуды» или «потомок человека по прозвищу Нуда». Но есть и другая модель: в белорусских и украинских говорах суффикс -ко мог выполнять роль уменьшительно-ласкательного или пренебрежительного оттенка, то есть Нудько — это «маленький нудный» или просто «нудный человек». Обе версии правдоподобны, но первая (патронимическая) встречается в фамилиях этого типа чаще.

Географически фамилия Нудько тяготеет к украинским землям, особенно к центральным и восточным областям, а также к югу России, где было сильное украинское влияние. Встречается она и в Беларуси. В дореволюционных переписях носители фамилии фиксировались преимущественно среди крестьян и казаков — никакого дворянского или купеческого следа за ней не числится.

Стоит отметить, что фамилия эта довольно редкая. Её однокоренные аналоги — Нуднов, Нудный, Нудин — встречаются чаще, но именно форма Нудько сохранила архаичный суффикс, который в современном русском языке почти не используется для образования новых фамилий. Это делает её интересным примером того, как диалектное слово и региональная словообразовательная модель закрепились в фамильном имени на века.