Фамилия Нуфёдов — редкий случай, когда основа почти наверняка не русская, а греческая, и попала она в русский язык через церковную книгу. В основе лежит каноническое имя Иуф, точнее, его просторечная форма. Полное церковное имя — Иувеналий (от латинского «юношеский»), но в быту на Руси оно сокращалось до Иуф, а затем, с утратой начального гласного, до Уф. От этой краткой формы и пошла фамилия: Уф → Нуф.

Откуда взялось начальное «н»? Это результат переразложения: предлог или приставка «на» в древнерусском языке могла сливаться с именем. Фраза «на Уфа» (то есть «на Уфа-землю») со временем осмыслилась как «на Нуфа». Так имя превратилось в Нуф — точно так же, как в фамилиях Наумов (от Наум) или Нефёдов (от Нефёд, искажённого Мефодий). А суффикс -ов указывает на принадлежность: Нуфёдов — «сын Нуфа».

Фамилия почти не встречается за пределами центральной России и Поволжья. В дореволюционных переписях её носители — в основном крестьяне и мещане, что характерно для фамилий, образованных от кратких форм крестильных имён. Интересно, что параллельная форма — Нуфин (от той же основы, но с другим суффиксом) — ещё более редка. Таким образом, Нуфёдов — не прозвищная фамилия от ремесла или внешности, а чисто патронимическая, ведущая родословную к человеку, которого в документах XVII–XVIII веков могли записать просто Нуф, то есть Иувеналий на крестьянский лад.