Фамилия Нунеу — редчайший случай для русского ономастикона. Её структура сразу выдаёт нерусское происхождение: окончание -еу нехарактерно для славянских фамилий, где преобладают суффиксы -ов, -ин, -ский. Скорее всего, перед нами румынская или молдавская фамилия, записанная в русской транскрипции. В румынском языке суффикс -еу (-eu) — один из самых распространённых патронимических показателей, соответствующий русскому -ов/-ев. Он восходит к латинскому суффиксу -eus и указывает на принадлежность к роду: Нунеу буквально значит «сын Нуну» или «из рода Нуну».

Основа Нун- может иметь несколько объяснений. Самое прямое — от румынского слова «nun» (произносится «нун»), что означает «крёстный отец» или, в церковном контексте, «монах». В Молдавии и Валахии прозвища, данные по родственной или церковной роли, были обычны: Нуну — человек, часто выступавший крёстным, либо тот, кто принял постриг. Менее вероятно, но допустимо происхождение от личного имени Нуну — уменьшительной формы от христианских имён вроде Иоанн или Нонн (в греческой традиции). В пользу румынской версии говорит и география: фамилия Нунеу встречается в основном у молдаван и в Приднестровье, реже — у гагаузов, у которых тоже есть фамилии на -еу.

В русском языке фамилия Нунеу сохранила исходную форму без изменений, что типично для поздних заимствований из неславянских языков. Носители этой фамилии в Российской империи XIX века, скорее всего, были крестьянами или мещанами бессарабских губерний, где румынское население составляло большинство. После присоединения Бессарабии к России в 1812 году такие фамилии фиксировались в метрических книгах и ревизских сказках именно в таком написании — через «еу», а не через «ев». Однофамильцев у Нунеу мало, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы носите эту фамилию, корни почти наверняка ведут в молдавские земли, а предок по мужской линии мог получить прозвище от своего статуса крёстного отца или монашества.