Фамилия Нунез — классический пример испанской патронимической фамилии, то есть такой, которая образована от личного имени отца. В её основе лежит мужское имя Нуно, которое в средневековой Испании было довольно распространено. Значение самого имени трактуют по-разному. Наиболее убедительной выглядит версия о латинском корне nonus — «девятый»: так могли называть девятого ребёнка в семье. Есть и более поэтичное объяснение — от сицилийского слова nunnu, то есть «милый, очаровательный», но оно менее доказательно.

Главная отличительная черта фамилии — суффикс «-ez», который в испанской ономастике работает как указатель родства и переводится как «сын такого-то». Та же модель дала фамилии Fernández (сын Фернандо), Bermúdez (сын Бермудо) или Díaz (сын Диего). То есть Нунез буквально означает «сын Нуно». Иногда тот же суффикс выступает в усечённых вариантах «-z» или «-iz», как в фамилиях Ruiz (от устаревшей формы имени Родриго) или Díaz.

Происхождение самого форманта «-ez» — отдельная загадка, вокруг которой до сих пор идут споры. Кто-то пытался возводить его к ивриту, но эта версия не выдерживает критики: суффикс использовался для образования фамилий задолго до появления значимых еврейских общин на Пиренейском полуострове. Другая гипотеза связывает его с латинским окончанием родительного падежа «-is», которое выражало принадлежность. Звучит логично, но лингвисты, включая Рамона Менендеса Пидаля, склоняются к тому, что суффикс имеет дороманское, то есть долатинское происхождение, возможно, пришёл из баскского через наваррский диалект.

Иными словами, фамилия Нунез — это не просто «сын Нуно», а живой след древних языковых пластов, которые смешались на территории Испании задолго до того, как сформировалась единая испанская нация. Встречается она в основном в испаноязычном мире, но благодаря миграциям распространилась и за его пределы.