Фамилия Нунез образована от испанского мужского имени Нуно. По одной из версий, оно имеет латинскую основу и восходит к слову nonus, которое переводится как «девятый». Возможно также, что имя Нуно ведет свое начало от сицилийского слова nunnu - «очаровательный, приятный, милый». Фамилия Нунез образовалась при помощи суффикса «-ez», который имеет значение «hijo de», т.е. «сын» (например, Fernández, hijo de Fernando; Bermúdez, hijo de Bermudo). Вариантами этого суффикса являются форманты «-z» / «-iz» (например, Ruiz, hijo de Ruy (устаревшая форма имени Rodrigo); Díaz, hijo de Diago (один из вариантов имени Santiago). Происхождение фамильного суффикса «–ez» точно не известно. Некоторые указывают на его происхождение из иврита. Однако использование суффикса «-ez» для образования фамилий восходит к более раннему периоду, чем присутствие евреев в Испании. Согласно другой гипотезе, этот суффикс образовался от окончания «-is» латинского генитива, со значением обладания или принадлежности. Существует также предположение о том, что это заимствование из баскского через наваррский. Рамон Менендес Пидаль придерживается мнения, достаточно обоснованного, о дороманском происхождении суффикса (то есть о долатинском).