Фамилия Нуникова — женская форма, а мужская, Нуников, образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от основы через суффикс -ов. Суффикс указывает на принадлежность: Нуников — буквально «сын Нуника» или «человек из рода Нуника». Основа здесь — личное имя или прозвище Нуник.

Сразу возникает вопрос: что за имя Нуник? В официальных святцах его нет, значит, перед нами неканоническое, мирское имя. Самая вероятная версия связывает его с диалектным словом «нун» или «нуня». В русских говорах, особенно северных и сибирских, «нуня» — ласковое обращение к ребёнку, что-то вроде «няня», «малыш». Прозвище Нуня могли дать ласковому, изнеженному или младшему ребёнку в семье. От него через уменьшительный суффикс -ик (Нуник) и образовалась фамилия. Такой путь — от прозвища через уменьшительную форму — типичен для русских фамилий, вспомните Сонин (от Соня), Ваньков (от Ванька).

Есть и другая, менее распространённая гипотеза. В некоторых говорах «нунить» означало «ныть, хныкать, капризничать». Тогда прозвище Нуня могло достаться человеку с ворчливым или плаксивым характером. Однако версия с ласковым обращением к ребёнку выглядит правдоподобнее: такие «детские» прозвища часто закреплялись за взрослыми людьми и переходили в фамилии.

Географически фамилия Нуников тяготеет к северным и центральным областям России. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном происхождении — скорее всего, от одного родового гнезда в какой-то конкретной волости или деревне. По сословному составу предки Нуниковых с высокой вероятностью были крестьянами или посадскими людьми — именно в этих средах мирские имена и прозвища держались дольше всего, вплоть до XVII–XVIII веков, когда фамилии начали закрепляться официально.

Таким образом, фамилия Нуникова несёт в себе отпечаток домашней, семейной обстановки: её основа — не ремесло и не место, а ласковое прозвище, данное когда-то ребёнку.