Фамилия Наникова — женская форма, а мужская, Наников, образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: с помощью суффикса -ов. Это значит, что в основе лежит имя или прозвище предка, которое заканчивалось на согласный или -о. В данном случае основа — Наник. Что это за имя и откуда оно взялось — вопрос, который ведёт нас в область личных имён и прозвищ.

Самая прямая версия: Наник — это разговорная, сокращённая форма крестильного имени Иоанн. В русском быту Иоанн превращался в Ивана, а от Ивана пошли десятки уменьшительных форм: Ваня, Ванечка, Ивашка, и в том числе — Наник. Такое сокращение (отпадение начального гласного и упрощение) встречается и в других фамилиях: скажем, Новиков (от «новый») не имеет к этому отношения, но вот Наумов и Наников — похожий случай: от Наум, от Иоанн. Если принять эту версию, предок носителя фамилии был просто Иваном, которого в домашнем кругу звали Наник.

Менее вероятная, но не исключённая версия — прозвище Наник от диалектного слова. В некоторых южнорусских и украинских говорах «наник» могло означать что-то вроде «навзничь» или «на спине», но это значение слишком ситуативно для устойчивого прозвища. Других очевидных корней (профессия, место жительства) в слове «наник» не прослеживается, поэтому версия с каноническим именем выглядит надёжнее.

Фамилия Наников — нередкая, но и не массовая. Встречается в разных регионах России, но заметных «гнёзд» — мест, где она особенно распространена, — не образует. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия сложилась в центральной или северной части России, где эта модель была основной. В южных и западных регионах чаще встречались бы фамилии на -енко или -ук.

Таким образом, Наникова — это фамилия, восходящая к имени Иван, но через редкую уменьшительную форму. В ней нет ни географической привязки к конкретному месту, ни указания на ремесло — только имя, которое носил далёкий предок.