Фамилия Нунина образована от прозвища Нуня, в основе которого, скорее всего, лежит старорусское слово «нунь (ноне, ныне)», то есть «теперь, сейчас». Можно предположить, что это прозвище указывает на определенные черты характера основателя рода. Возможно, он был человеком нетерпимым, «живущим одним днем». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Нуня, со временем получил фамилию Нунина.