Фамилия Нунупаров — редкая и с неочевидной на первый взгляд структурой. Её основа не похожа на типичные русские корни, что сразу указывает на иноязычное происхождение. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от личного имени или прозвища, бытовавшего в среде народов Кавказа или Закавказья. Разбор суффикса подтверждает это: типично русский патронимический суффикс -ов присоединён к основе, которая сама по себе не является славянской. Такое часто случалось, когда в русские метрики или ревизские сказки попадала фамилия крещёного инородца или выходца с юга.

Наиболее вероятная версия — фамилия восходит к армянскому мужскому имени Нунупар (вариант Нунуфар). В армянском языке это имя имеет древние корни и, по одной из гипотез, связано с понятием «свет» или «сияние» (сравните с именем Нуне, которое означает «святая»). Имя Нунупар могло быть дано ребёнку как пожелание светлой судьбы. При переходе в русскую среду к основе Нунупар- добавился стандартный суффикс принадлежности -ов, превративший имя в фамилию: «сын Нунупара».

Менее вероятна, но возможна связь с тюркскими языками, где «нуну» может быть детским или ласкательным словом. Однако армянский след выглядит убедительнее из-за наличия в ономастиконе Армении целого гнезда имён с корнем «нун» (Нуне, Нунуфар). Фамилия могла появиться в Российской империи во второй половине XIX века, когда многие армяне переселялись в центральные губернии и их имена русифицировались при записи в документы.

Географически фамилия Нунупаров тяготеет к югу России и регионам, где исторически были армянские общины: Ставрополье, Ростовская область, Краснодарский край, а также Закавказье. Из-за редкости фамилии её носители, скорее всего, восходят к одному роду, чей предок был записан под этим именем. Никаких сведений о дворянском происхождении или принадлежности к известным сословиям нет — это фамилия, возникшая в народной среде при адаптации иноязычного имени к русской системе фамилий.