Фамилия Нунуев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычных для русских фамилий суффиксов -ов/-ев (здесь -ев уже входит в основу, а не является патронимическим), и она явно не славянская по корню. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно смотреть в сторону народов Кавказа, прежде всего — чеченцев и ингушей.

Основа фамилии — личное имя Нуну или Нуна. В вайнахских языках (чеченском и ингушском) «нуну» — это детское, ласкательное обращение, что-то вроде «малыш», «кроха». Имя Нуну могло быть домашним, внутрисемейным прозвищем ребёнка, которое потом закрепилось как официальное. По другой версии, Нуну — это сокращённая форма от более длинных имён, например, Нунудин или Нунул, где «нун» может восходить к арабскому «нур» (свет). Но для фамилии Нунуев первая версия — с «малышом» — выглядит правдоподобнее, потому что такие «детские» прозвища часто становились основами фамилий у горских народов.

Модель образования Нунуев — типичная для русской документальной фиксации кавказских фамилий. Русские писцы добавляли окончание -ев к местной основе, чтобы вписать её в привычную систему отчеств. Так Нуну превратился в Нунуева — буквально «сын Нуну». В самой Чечне или Ингушетии фамилия может звучать иначе, например, Нунуев — это русифицированный вариант, а в родной среде она могла бы быть Нунун-кхел (тайп) или просто Нуну.

Географически фамилия Нунуев распространена в Чеченской Республике, Ингушетии, а также среди выходцев с Кавказа в других регионах России. Это не массовая, а скорее родовая, клановая фамилия. Носители её, скорее всего, принадлежат к одному из чеченских тайпов (родов), но точная привязка к конкретному тайпу требует более глубокого генеалогического поиска — в открытых источниках таких данных нет.

Сравните с однокоренными фамилиями: Нунаев (от того же имени Нуна) или Нунукаев (с уменьшительным суффиксом -ка). Нунуев стоит в этом ряду как самый простой, прямой вариант: взяли имя Нуну и добавили русское окончание. Никакой сложной социальной истории вроде «потомок священника» или «беглый крестьянин» здесь нет. Фамилия — прямой слепок с личного прозвища, которое когда-то дали ребёнку.