Фамилия Нушкина, скорее всего, образована от прозвища или нецерковного имени Нушка. Перед нами типичная модель русской фамилии: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Нушкина — буквально «дочь или жена Нушки». Основа же Нушка — это уменьшительно-ласкательная форма от какого-либо личного имени или прозвища.

Ключевой вопрос — от какого именно. Самая очевидная версия: Нушка — производное от канонического имени Арсений. В народной речи имя Арсений сокращали до Арсеня, а ласково называли Арсенюшка, Сеня, Сенечка. Форма Нушка могла возникнуть из сочетания «Сенюшка» через отпадение первого слога и упрощение — явление, характерное для разговорной речи (ср. «Саня» → «Няня» в некоторых говорах). Менее вероятно, но возможно, что Нушка — вариант имени Аннушка (Анна), где начальная гласная «отпала» в потоке речи: «Аннушка» произносили как «Ннушка», а затем как «Нушка». Однако для фамилии такая модель встречается реже.

Вторая версия отсылает нас к прозвищу. В северных и сибирских говорах слово «нушка» (или «нуш») могло означать «нора», «берлога», «убежище». Человека могли прозвать Нушкой за манеру прятаться, замкнутый характер или, наоборот, за то, что он жил в землянке. В этом случае фамилия — осколок диалектной лексики, которая почти исчезла из современного языка.

География фамилии Нушкина размыта, но, судя по встречаемости в метрических книгах, она более характерна для Поволжья и центральных губерний России (Нижегородская, Костромская, Владимирская области). Там же зафиксированы однокоренные фамилии Нушков и Нушин, что подтверждает: корень «нуш-» входил в активный словарь местных жителей. Сословная принадлежность носителей, скорее всего, была крестьянской или мещанской — фамилии на -ин редко встречались у дворян, если не были образованы от прозвища.

Таким образом, если ваш предок — Нушкин, он мог быть либо Арсением, которого в быту звали ласково Нушкой, либо человеком с характером «норного зверя» — замкнутым и домовитым. Обе версии имеют право на жизнь, но первая (от имени Арсений) кажется более вероятной из-за продуктивности уменьшительных форм в русской антропонимии.