Фамилия Нутер — редкий случай, когда внешне простая основа оборачивается сразу несколькими версиями происхождения, и ни одна из них не лежит на поверхности. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно смотреть не только на корень, но и на суффикс, и на географию.

Первое, что бросается в глаза, — отсутствие типичного русского суффикса (-ов, -ин, -ский). Фамилия оканчивается на -ер, что указывает либо на западное, скорее всего немецкое или еврейское (ашкеназское) происхождение, либо на искусственную позднюю фиксацию. В немецком языке -er — распространенный суффикс деятеля: от основы Nuss (орех) образуется Nusser — «ореховщик», тот, кто торгует орехами или колет их. Фамилия Нутер может быть фонетическим вариантом именно этой фамилии, где сдвоенная «с» упростилась или была записана на слух.

Вторая версия отталкивается от того, что в некоторых южнорусских и украинских говорах слово «нут» или «нута» означало нечто вроде «хлев», «загон для скота» (от диалектного «нута» — скотный двор). Тогда Нутер — это человек, живший при таком загоне или ухаживавший за скотом. Версия правдоподобна для фамилий, возникших в крестьянской среде, где прозвища давали по месту жительства или занятию, но она слабее немецкой, потому что суффикс -ер для русских прозвищ нехарактерен.

Третья, более спорная гипотеза, связывает фамилию с библейским именем Нафан (Nathan) в его идишской или немецкой огласовке. В еврейской традиции фамилии на -ер иногда образовывались от личных имен через прибавление этого суффикса, обозначавшего принадлежность. Однако прямой фонетический переход от Нафан к Нутер маловероятен, и эта версия остается сугубо предположительной.

Географически фамилия Нутер встречается крайне редко. Если отталкиваться от немецкого корня, то ее носители могли быть выходцами из немецких колоний на Волге или в Причерноморье, где фамилии на -ер были обычным делом. Со временем, при русификации, написание могло закрепиться в том виде, в каком его услышал русский писарь. Таким образом, с наибольшей вероятностью Нутер — это профессиональное прозвище, данное человеку, который имел дело с орехами, или же адаптированная немецкая фамилия, утратившая связь с исходным значением.