Фамилия Нутиков — из числа тех, что образованы от прозвища, которое в современном русском языке почти исчезло. Основа — «нутик», уменьшительная форма слова «нут» (гороховая культура, бараний горох). В диалектах «нутиком» могли называть не только сам боб, но и человека — либо щуплого, невысокого, либо, напротив, того, кто торговал или выращивал нут. Такие прозвища по продуктам или растениям встречаются в русских фамилиях нередко: Горохов, Чечевицын, Бобов. Нутиков — одного ряда с ними, но гораздо реже.

Суффикс -ов указывает на классическую патронимическую модель: Нутиков — буквально «сын Нутика». Фамилия закрепилась в центральных и южных губерниях России, где нут был известен как огородная культура. В северных и сибирских говорах слово «нут» почти не употребляли, так что географически фамилия тяготеет к чернозёмной полосе и Поволжью.

Есть и вторая, менее вероятная версия: связь с диалектным глаголом «нутить» — «гнуть, клонить, принуждать». В этом случае «нутик» — прозвище упрямого или настойчивого человека. Но эта гипотеза слабее: глагол редок, а основа «нут» в значении «горох» зафиксирована в словарях и даёт прямое, прозрачное толкование.

В написании фамилия устойчива: варианты Нутиков и Нутников путают редко, хотя в дореволюционных метриках встречается написание через одно «т» — Нутиковъ. Сегодня фамилия малочисленна, её носители живут в основном в России и на Украине, в среде потомков крестьян и мещан. Дворянских родов с такой фамилией не известно — это однозначно народная, прозвищная фамилия, без книжной или искусственной основы.