Фамилия Нужаева образована от мужского имени или прозвища Нужай. Её основа — слово «нужа». В русских говорах и в украинском языке так называли нужду, бедность, а также неволю, тяжёлую работу. Однако прозвище Нужай вряд ли давали человеку из жалости. Скорее всего, оно имело охранительный, обережный смысл: считалось, что имя-проклятие, имя-беда отпугнёт злых духов и настоящая нужда обойдёт ребёнка стороной. Такая практика — называть детей «плохими» словами — была распространена в крестьянской среде.

Суффикс -ай в основе Нужай характерен для прозвищ, образованных от глагольных или именных корней (ср. Бодай, Ломай, Дергай). Фамилия построена по стандартной модели: к прозвищу Нужай добавили патронимический суффикс -ев (в варианте -аев из-за йотированного окончания), а затем женское окончание -а. Мужской вариант — Нужаев.

Фамилия редкая, географически тяготеет к южнорусским и украинским областям. Встречается в документах XVII–XVIII веков, например, среди однодворцев — потомков служилых людей, которые жили на южных границах государства. В те времена «нужа» могла быть и прозвищем человека скупого или, наоборот, того, кто постоянно терпел лишения.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Нуждин, Нужный, Нуженко) показывает, что все они восходят к тому же корню, но Нужаева стоит особняком из-за редкой суффиксальной модели. Это не фамилия от канонического имени, а чисто бытовое, народное прозвище, которое закрепилось в документах и дошло до наших дней.