Фамилия Нятюнов — один из тех редких случаев, где корень уходит в финно-угорские языки, а не в славянские или тюркские. Образована она по стандартной русской модели: к основе Нятюн- добавился патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Нятюна). То есть в основе лежит личное имя или прозвище Нятюн.

Самая вероятная версия происхождения этого имени — от финно-угорского корня, распространённого у народов Поволжья (мордва, марийцы, удмурты). Сравните с эрзянским или мокшанским словом «нять» — «понимать», «смыслить», или с «нятямс» — «понять». В этом случае Нятюн — это прозвище смышлёного, догадливого человека, того, кто быстро схватывает суть. В тюркских языках тоже есть похожие созвучия, но там они обычно означают «свет» или «сияние», что для фамилии менее характерно.

Вторая, менее вероятная, но не исключённая версия — связь с коми-пермяцким «нят» (грязь, слякоть). Тогда прозвище могло быть дано человеку, жившему в болотистой местности или имевшему неопрятный вид. Однако, учитывая, что суффикс -юн в финно-угорских именах часто служит для образования ласкательных форм, версия с «понятливым» выглядит убедительнее.

Географически фамилия Нятюнов не массовая. Её очаги — Республика Мордовия, Кировская и Нижегородская области, то есть зона исторического расселения финно-угорских народов. Это указывает на то, что предки носителей фамилии, скорее всего, были не дворянами, а крестьянами или посадскими людьми из среды мордвы или марийцев, которые при крещении получали русские фамилии по прозвищу, а не по имени святого.

Интересная особенность: фамилия не имеет вариантов с окончанием на -ин (Нятюнин), хотя по правилам русского языка основы на -а, -я обычно дают суффикс -ин. Сохранение формы Нятюнов — ещё один аргумент в пользу того, что фамилия возникла не в центральной России, а на финно-угорской периферии, где местные говоры не всегда следовали строгой московской норме.