Фамилия Ныгора — редкая и неоднозначная с точки зрения происхождения. В ней нет привычных русских суффиксов -ов или -ин, что сразу указывает: перед нами либо украинская, белорусская, либо польская модель фамилии, образованная от прозвища. Сама основа «ныгор-» не встречается в современных словарях русского литературного языка, но имеет параллели в юго-западных диалектах.

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с глаголом «ныгать» или «ныгаць» (белорусское и украинское диалектное слово, означающее «нырять», «окунаться», а также «прятаться»). Соответственно, Ныгора — это прозвище человека, который любил нырять, работал ловцом жемчуга или рыбы, а в переносном смысле — уклончивого, скрытного человека. В пользу этой версии говорит и суффикс -ор-а, характерный для украинских и белорусских прозвищ (сравните: Шквара, Гутора, Хмара). Фонетически чередование «г» и «к» (ныгать — ныгора) объясняется влиянием акающих говоров.

Менее вероятна, но возможна связь с литовским корнем «nyg-» или «nyk-», означающим «гибнуть», «исчезать». В таком случае прозвище мог получить мрачный, болезненный человек или тот, кто пережил тяжёлую утрату. Однако эта версия слабее: фамилия с явно славянским суффиксом вряд ли напрямую заимствована из балтийских языков без посредничества диалекта.

Географически фамилия Ныгора встречается в основном на западе Украины (Волынь, Ровенская область) и в южной Беларуси (Брестчина). Это подтверждает её региональное диалектное происхождение. Известных носителей с такой фамилией в общероссийских справочниках нет — фамилия осталась локальной, не распространившись за пределы Полесья.

Таким образом, предки современного Ныгоры, скорее всего, жили в пинских болотах или на Волыни, занимались рыболовством или просто получили меткое прозвище за характерную манеру поведения. Фамилия не дворянская, не крестьянская по сословной принадлежности — она из той массы народных прозвищ, которые давали по занятию или внешности, а не по отцу или месту.