Фамилия Негора — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, минуя типичные суффиксы -ов, -ин или -ский. В основе лежит украинское или южнорусское слово «негора» — бедняк, горемыка, человек, которого преследуют несчастья. Это не оскорбление, а скорее констатация жизненных обстоятельств, часто с оттенком сочувствия. В диалектах «гора» могла означать «беда» или «нужда», а приставка «не-» отрицала благополучный исход: «не-гора» — тот, кому не везёт, у кого «нет доли».

Словообразовательная модель здесь обратная типичной: не от имени через суффикс, а от нарицательного прозвища в чистом виде. Такое оформление характерно для украинской и белорусской традиции, где фамилии на -а без дополнительных формантов встречаются чаще, чем в великорусских землях. Если бы фамилия закрепилась в северных или центральных областях России, её, скорее всего, русифицировали бы в Негоров или Негорин. Сохранение формы «Негора» указывает на западнорусское или малороссийское происхождение рода.

Встречается версия, связывающая фамилию с топонимом — например, с названием реки Негоры или села Негорское. Но документальных подтверждений массового бытования такого географического названия нет. Правдоподобнее, что прозвище возникло независимо в разных семьях: в среде крестьян и казаков «негорой» могли называть неудачливого хозяина, батрака без своего хозяйства или просто человека с тяжёлой судьбой. В письменных источниках XVII–XVIII веков фиксации фамилии редки — она оставалась на периферии официального документооборота.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Негородов, Негорюев, Негорелов) показывает, что корень «гор-» в них связан с разными значениями: горевать, гореть, город. «Негора» стоит особняком — здесь прямое указание на «горюна», человека, которому «гора» (беда) сопутствует. Это не фамилия-прозвище ремесленника или землевладельца, а социальная характеристика, закреплённая за родом.