Фамилия Ныпорка настолько редкая, что в большинстве фамильных словарей её нет. Она не встречается в списках типичных русских фамилий, и её носители, скорее всего, живут на очень ограниченной территории или происходят из одной семьи. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно разбирать её не по правилам литературного языка, а по живым говорам.

Первое, что бросается в глаза — суффикс «-к-». В русских фамилиях он обычно не образует фамилию напрямую, а стоит либо в составе уменьшительно-уничижительной формы имени (Ванька, Митька), либо входит в основу прозвища. В случае с Ныпоркой это, очевидно, прозвище в именительном падеже, которое «застыло» и стало фамилией. Такие фамилии — «застывшие» прозвища — характерны для украинской и белорусской традиции, а также для южнорусских областей.

Корень «ныпор-» — самый тёмный. Скорее всего, это диалектное слово. Наиболее правдоподобная версия: в говорах «ныпор» или «ныпорка» могло означать нечто вроде «ныряльщик» или «водолаз». Глагол «нырять» в некоторых диалектах звучал как «ныпать» или «ныпорить». Тогда Ныпорка — человек, который хорошо ныряет, достаёт со дна что-то (утопленное, рыбу, груз). Это могло быть прозвище рыбака, ловца жемчуга или просто ловкого парня.

Вторая, менее очевидная версия: связь с «ныть» или «нытик». В некоторых говорах «ныпор» могло быть искажением слова «нытик» — вялый, плаксивый человек. Но это менее вероятно, потому что в прозвищах чаще закрепляли яркую внешнюю черту (ловкость), а не внутреннее состояние, которое сложнее заметить со стороны.

Третья, экзотическая версия — заимствование из финно-угорских языков, если фамилия встречается на севере России. Но для этого нет никаких подтверждений, и звучание «Ныпорка» для финского или коми нехарактерно.

Таким образом, с большой долей вероятности, первый носитель фамилии Ныпорка получил своё прозвище за умение нырять. Он мог жить на юге России, в Белоруссии или на Украине, на берегу большой реки, где это качество было востребовано. Фамилия не получила распространения и осталась уникальной, возможно, закрепившись лишь за одним родом.