Фамилия Нющенко почти наверняка связана с прозвищем Нюх. В русском и украинском языках «нюх» — это способность к обонянию, а в переносном смысле — чутьё, интуиция, умение угадывать выгоду или опасность. Таким прозвищем могли наградить человека сообразительного, прозорливого, того, кто, как говорили, «нюхом чует», где правда, а где подвох. В основе фамилии лежит именно эта черта характера, а не род занятий.

Словообразовательная модель здесь типична для украинских фамилий: к основе Нюх- добавили суффикс -енк(о), который в восточной Украине указывал на потомка, сына. То есть Нющенко буквально означает «сын Нюха». Чередование х/щ в корне — результат исторических фонетических процессов: звук [х] перед гласным переднего ряда смягчился и перешёл в [щ], поэтому в фамилии мы видим не «Нюхенко», а именно «Нющенко». Такое чередование встречается и в других фамилиях, например, от прозвища Верх — Верщенко.

Существует и вторая версия, которую стоит упомянуть, хотя она менее убедительна. Согласно ей, в основе лежит имя Нюша — краткая форма крестильного женского имени Анна (с древнееврейского — «милость», «благодать»). Но здесь возникает вопрос: фамилии на -енко в подавляющем большинстве образовывались от мужских имён и прозвищ, а не от женских. Маловероятно, что предка звали по матери или бабушке, если только речь не идёт о внебрачном сыне, но такие случаи редки и обычно оставляют следы в документах. Поэтому версия с прозвищем Нюх выглядит гораздо правдоподобнее.

Прозвище Нюх, изначально бытовавшее в кругу семьи и соседей, со временем полностью заменило имя в официальных бумагах. Так наследственное имя Нющенко закрепилось за родом, указывая на предка, который славился острым умом и наблюдательностью. Географически фамилия тяготеет к левобережной Украине и югу России, где суффикс -енко был особенно распространён в XVII–XVIII веках. Сейчас Нющенко — редкая фамилия, и её носители, вероятно, происходят из одного или нескольких соседних сёл, где прозвище Нюх когда-то дало начало целому роду.