Фамилия Охтоников — редкий случай, когда основа не просто неочевидна, но и звучит чужеродно для русского уха. Если отбросить типичный патронимический суффикс -ов (указывающий на принадлежность: «чей?»), в корне остаётся «Охтоник». Самая правдоподобная версия возводит эту основу к крестильному имени, но не к привычным православным святцам, а к греческому «Охтоний» или его латинизированному варианту. В греческом «охтос» (ὄχθος) означает «холм», «возвышенность», и имя могло символически обозначать «возвышенного» или «живущего на холме». Такие имена встречались в среде духовенства или образованных горожан, но в России они не прижились и давались крайне редко.

Вторая, более прозаичная гипотеза, связывает фамилию с прозвищем от диалектного слова «охтон» — так в некоторых северных говорах называли нерасторопного, вялого человека или, наоборот, того, кто «охтит» (охает, жалуется). Однако у этой версии слабое место: суффикс -ик- в основе «Охтони-к-ов» указывает на уменьшительную или прозвищную форму, что для прямого прозвища «Охтон» нехарактерно. Скорее, «Охтоник» — это уже производное от имени, а не от нарицательного слова.

Географически фамилия тяготеет к югу России и историческим территориям Войска Донского. В казачьей среде охотно брали нестандартные, «уличные» варианты крестильных имён, переделывая их на свой лад. Не исключено, что Охтониковы — потомки выходцев из греческих поселений Приазовья или обрусевших греков, которые принесли имя в казачью среду, где оно и закрепилось в фамилии.

В отличие от массовых Ивановых или Петровых, фамилия Охтоников почти не встречается в центральных и северных областях. Её носители — это, скорее всего, потомки одной или нескольких семей, чей предок носил редкое имя или прозвище, не попавшее в официальные святцы. Сословная принадлежность могла быть любой: от священников (где греческие имена ценились) до казаков и крестьян, но дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» или «Общем гербовнике» не зафиксировано.