Фамилия Омегопопкин — яркий пример поздней искусственной фамилии, которая с высокой вероятностью возникла в семинарской среде. Её основа — не прозвище и не профессия, а греческая буква «омега» (Ω, ω), последняя в алфавите. В христианской символике «альфа и омега» означают начало и конец, Бога как всеобъемлющее начало. Семинаристы, получавшие фамилии при поступлении в духовные училища, нередко брали за основу церковнославянские или греческие слова, названия праздников, икон и даже букв. «Омега» в этом ряду — редкий, но понятный выбор: она отсылает к Апокалипсису и торжественной фразе «Аз есмь Альфа и Омега».

Вторая часть — «попкин» — явно связана со словом «поп» (священник). Суффикс -кин указывает на принадлежность: буквально «сын попа». Но в паре с «омегой» прямой смысл «сын попа Омеги» абсурден: Омега — не имя, а символ. Скорее всего, фамилия составная, где «Омего-» — определяющая часть, а «-попкин» — фамильная основа, к которой её приставили. В духовных училищах практиковали слияние корней: например, от фамилии матери или отца брали основу и добавляли благозвучную приставку. Здесь «Омега» могла быть индивидуальной приметой: например, семинарист-заика или медлительный ученик (как «последняя буква»), а «Попкин» — наследственная фамилия его рода. Тогда Омегопопкин — «Попкин, прозванный Омегой».

Словообразовательная модель нестандартна: суффикс -ин дважды не повторяется, но первая часть стоит в форме на -о, как в сложных прилагательных (ср. «чернокнижников»). Это типично для составных фамилий XIX века, которые создавались по книжному образцу, а не из живой речи. Фамилия почти наверняка не крестьянская и не купеческая — её носители, скорее всего, происходили из духовного сословия, из семей сельских священников или дьячков, где ценили грамотность и церковную символику.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В современных базах данных она единична, что подтверждает её искусственное происхождение: такие фамилии не передавались массово, а оставались в пределах одной семьи или даже одного поколения семинаристов. Географически можно предположить центральные губернии России, где были развиты духовные училища (например, Владимирская, Ярославская, Костромская). Но точных данных об ареале нет — фамилия настолько редкая, что не попала в региональные ономастические сводки.

Вариантов написания практически нет: «Омегопопкин» — единственная зафиксированная форма. Ударение, скорее всего, падает на третий слог: Омегопо́пкин (от «поп»).