Фамилия Ондаганов звучит необычно для русского уха, и это не случайно: её корни лежат не в славянской, а в тюркской языковой среде. В основе фамилии лежит мужское личное имя Ондаган, которое в переводе с тюркских языков означает «бобр» или «выдра». Промысловый зверь, ценившийся за мех, дал прозвище ловкому, хозяйственному или, возможно, внешне похожему на этого зверя человеку. Имя Ондаган встречается у башкир, татар и некоторых других народов Урало-Поволжья.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов, который в тюркских фамилиях выполняет роль притяжательного падежа: «сын Ондагана» или «из рода Ондагановых». Это типичный случай, когда нерусское по происхождению имя обрастало русским окончанием при оформлении фамилий в XIX — начале XX века, в период массовой паспортизации. Таким образом, Ондаганов — это русифицированная форма, которая закрепилась за носителями в документах.

Встречается фамилия преимущественно в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях. Предки современных Ондагановых, скорее всего, были охотниками, рыболовами или скотоводами — людьми, жившими в тесной связи с природой, где знание повадок зверей было делом жизни. Встречаются также варианты написания с одной «н» — Ондаганов, что может быть следствием упрощения при записи в метрических книгах.

Есть и альтернативная, менее распространённая версия, связывающая основу с монгольским словом «ондаг» — «яйцо». В этом случае прозвище могло относиться к круглолицему или полному человеку. Однако первая версия — от названия пушного зверя — поддерживается большинством ономастов и бытованием аналогичных фамилий (Кундузов, Бобров) у соседних народов.